种公马穿梭配种(Shuttle Stallion)的目的大概有两个，一个是“物尽其用”，增长每年配种周期；另一个就是避免纯血马的过度近亲繁殖。
种公马穿梭配种(Shuttle Stallion)始于上世纪八十年代后期。以前一匹公马一般只交配四十余次，后来加到一百次，因为配种季节只有两三个月，就算上下午各一次亦次数有限。后来有人想出安排一匹公马上半年在北半球配种，下半年南下澳大利亚、新西兰再配，物尽其用，不必有九个月无所事事，每次配种后仍有三四个月回气，于是一年可生二百匹子嗣。
而且，穿梭配种更多地也会选择与当地主流血统不同的种马进行繁育。也可避免过度近亲交配的问题。对于纯血马而言，由于种马的流动性不强，特别是历史上一些国家的育马活动只在本国内进行，一段时间下来会造成种群内过度近亲，可选择配种对象减少。特别是一些配种成绩优异的种马，在一段时期大量交配后，如果没有引入新的血统与其后代继续配种，会造成整个父系家族的衰退甚至灭绝。
“丹山”
著名种公马“丹山”种马时期采用的就是南北半球穿梭配种。总共生产超过80匹一级赛盟主，夺得多个地区种马冠军的纪录。
“里博”
也有马在欧洲及美洲穿梭配种。凯旋门大赛盟主“里博”，缔造1６出１６捷不败传奇。“里博”的配种成就非常突出，穿梭英国、意大利及美国三地配种，为1963、67、68年三届英爱冠军种马，名气更一直压倒“北地舞人”（Northern Dancer）。子嗣有美国马王“Arts and Letters”、著名种马“Graustark”及英国马王“Ragusa”等。
穿梭配种的现象如今非常常见。在香港，目前最大的父系是“神圣罗马帝王”，这匹爱尔兰马的子嗣中，现有三十匹在港出赛，但有三分一是澳洲马，因为本身是穿越配种。事实上，另外两大系都是穿越南北半球的配种马，排第二的是“卓越出众”，本身是澳洲马，但半数在港子嗣于英国出生。此外“灯塔岛”虽是澳洲马，在港却有两三匹子嗣属英国马。就连刚刚退役的日本马王“满乐时”也将穿梭至澳洲进行配种。