马的遗传对马的后天能力影响较大，在当今赛马世界里面，有两个血统理论存在分歧。
一种叫顶线理论，从父系追查的马的血统；另外一种是底线理论，从母系追查马的血统和来源。
其中，顶线理论的人认为，父系对马的后天能力影响比较大，有一匹马叫“北方舞者”，其后代有三届打吡冠军，这一实例从而很好地印证了顶线理论的说法。
底线理论则认为，母系对其影响大，小马驹出生以后，和母马一起生长，母马的动作、习惯等方面会影响后代，说明母系对后代影响大。
双方各执己见，各自都有道理，但是陈彼德认为研究马的血统，应该综合分析，父母系对马都有影响。父系影响马的特点、性能。而母系影响到马的跑步姿势。
而香港著名马主周永健则在接受第一赛马网采访时说道：“我自己挑选马匹时会用很多数据和方法，全部综合起来再平衡风险。在这个过程中，我最注重的是马匹母亲，而不是马匹父亲，配种出“快如疾风”的母亲是我经过很详细的考虑，找了很久才找到的！”
为什么马匹母亲赛马成绩对后代影响这么大？周永健认为有好几个原因：
1.线粒体染色体基因（Mitochonrial DNA)是母亲遗存的，就是我觉得母尾线是马匹血统里面最重要的！
2. X factor，即马匹心脏大小也是母线遗存的，最起码大家一直以来都是这样认为，但是现在最新科学研究说，也许Y染色体也有会影响到X染色体对心脏大小发展和影响。
3.Rasmussen Factor，之前有研究就是近亲交配，特别是用优秀的马匹母亲，对后代成绩有显著影响，这种研究，应该说数据分析被多次重复，效果有的研究说显著，有的研究说没有跟正常有多分别，但是我自己认为是明显有的，我会之后拿出数据和理由，来跟大家分析，这是对配种学和配种分析一门很重要的环节！
最后我想说如果马匹母亲没有成绩，不要说赛跑赢不了，即使连跑位置都不能，也可以当马匹母亲来配种，我自己也有完全‘没用’的马匹母亲用来配种，当然要有其他充分的原因和理由，因为数据上是吃亏的，但是不要忘记历史上很多完全赛跑成绩不行的马匹母亲，也成为历史最成功配种的马匹母亲，举例子，新西兰的Eight Carat，好像跑六次，五次跑最后（不完全肯定），她的后代却赢了22场一级赛，是近50年新西兰最出名的马匹母亲，因为我很注重母尾线，我自己也收锣了之前提及的The Centenary也是Eight Carat母尾线的(刚刚8月27日再赢了！)是我将来配种的重要马匹母亲，希望她可以配种前赢到级赛，而且再配种出些级赛子女！
当然马匹父亲的后代市场回报最好，比如大家谈到“天价”周岁马，都是说爸爸是谁，往往因为市场带着很多标榜，种公马的配种能力和配种价钱会被不成比例地叫高很多。“好”的公马通常是与成绩最优秀的母马交配的，所以成绩是受马匹父亲影响或是受马匹母亲影响就模糊了！