国家农业部于2006年将宁强马和百色马列入首批国家级畜禽遗传资源保护名录,分别在原产地建立了国家级保种场和保护区,对产区内的矮马资源进行了重点保护。
国家畜禽遗传资源委员会分别于2009年10月和2010年1月验收认定德保矮马和云南矮马为新遗传资源,从此确立了其资源地位。广西、陕西等省区政府对当地矮马的资源保护也采取了多项有效措施,取得了明显成效。
广西德保县以“国有民养”方式,采用活体保种方法,在马隘、城关、那甲、隆桑、燕峒等5个乡镇设立10个保种基地。按照“一公多母”的比例放到300多个农户中代养,每年由国家付给养马户人工费(代养费)每匹是120元,对繁殖出的马驹1.5岁后由县畜牧部门组织评定,按市价70%归农户。该县人民政府又于2009年12月投入60多万元,兴建了广西德保矮马原种场。